A criação deste Programa remonta a dezembro de 1995, quando, por iniciativa conjunta dos Ministérios da Educação e da Cultura, foi criado, pelo Despacho Conjunto n.º 43/ME/MC/95, um grupo de trabalho, com o fim de analisar e propor medidas tendentes a incentivar a utilização do livro nas metodologias de ensino e na organização do tempo escolar e o desenvolvimento de bibliotecas nas escolas dos diferentes níveis de ensino.
Do trabalho deste grupo, definido através do Despacho Conjunto n.º 5/ME/MC/96, de 9 de janeiro, de que fizeram parte Isabel Veiga (coordenadora), Cristina Barroso, José António Calixto, Teresa Calçada e Teresa Gaspar, resultou o Relatório Lançar a Rede de Bibliotecas Escolares que contém os princípios, bases e linhas de orientação que estiveram na origem da criação do Programa Rede de Bibliotecas Escolares.
Foi com base neste documento de referência que, no ano seguinte, foi decidido, por ambos os ministérios, dar início ao lançamento faseado de um programa de instalação de uma Rede de Bibliotecas Escolares.
O Programa Rede de Bibliotecas Escolares foi lançado em 1996, pelos Ministérios da Educação e da Cultura (despacho conjunto n.º 184/ME/MC/96, de 27 de Agosto), com o objetivo de instalar e desenvolver bibliotecas em escolas públicas de todos os níveis de ensino, disponibilizando aos utilizadores os recursos necessários à leitura, ao acesso, uso e produção da informação em suporte analógico, eletrónico e digital.
Posteriormente, este documento foi revogado pelo Despacho conjunto n.º 872/2001, de 18 de setembro, que define as competências e a composição do Gabinete Coordenador da Rede de Bibliotecas Escolares, colocando o foco não só na instalação e desenvolvimento de bibliotecas, mas também no apoio ao seu funcionamento.
Em junho de 2009, o Gabinete da Rede de bibliotecas Escolares organizou o Fórum RBE – Encontro Nacional de Bibliotecas Escolares que reuniu cerca de 1400 pessoas (entre professores coordenadores e outros docentes das equipas das bibliotecas, bibliotecários municipais, diretores de escolas... ). Foi um momento de celebração pelo que o Programa RBE já tinha realizado até então e a oportunidade para apresentar o estudo Avaliação do Programa Rede de Bibliotecas Escolares pelo Centro de Investigação e Estudos de Sociologia, ISCTE – Instituto Universitário de Lisboa.
Também em 2009, a Portaria n.º 755/2009, de 14 de Julho (atualmente Portaria 192-A/2015, de 29 de junho) instituía a figura do professor bibliotecário como elemento fundamental para a gestão funcional e pedagógica das bibliotecas escolares. Tratava-se de garantir a institucionalização do trabalho realizado pelas escolas e pelos professores responsáveis pelas bibliotecas, em articulação com o Gabinete da Rede de Bibliotecas Escolares. Pretendia-se que a biblioteca escolar se assumisse como uma estrutura inovadora, funcionando dentro e para fora da escola, capaz de acompanhar e impulsionar as mudanças nas práticas educativas, necessárias para proporcionar o acesso à informação e ao conhecimento e o seu uso, exigidos pelas sociedades atuais.
Considerando o aumento do número de bibliotecas que progressivamente vinham a integrar a Rede de Bibliotecas Escolares e a necessidade de investir num apoio de proximidade continuado, foi sendo criada informalmente a figura de andorinha, que veio a ser formalizada do ponto de vista legal na mesma portaria de 2009, com a designação de Coordenador Interconcelhio para as Bibliotecas Escolares. Este coordenador trabalha de forma muito próxima com as bibliotecas escolares, para que as orientações definidas pela RBE sejam incorporadas na ação das bibliotecas.
Em 2016, a Rede de Bibliotecas Escolares comemorou vinte anos de existência. Vinte anos que permitiram atingir 2426 bibliotecas escolares e 1301 professores bibliotecários e ainda lançar um sem número de iniciativas em prol da leitura, da inclusão e das literacias exigidas por uma sociedade onde a informação e a tecnologia imperam e a incerteza se tornou uma constante. Para assinalar a data e ajudar a manter viva a história, a RBE disponibilizou o sítio 20 anos RBE.
Em 2021, Assinalaram-se os 25 anos de Rede de Bibliotecas Escolares, tendo sido publicado um novo quadro estratégico: Bibliotecas Escolares: presentes para o futuro.