O Museu de São Roque foi aberto ao público pela primeira vez em 1905, localizado na antiga Casa Professa da Sociedade de Jesus, uma casa religiosa ao lado da Igreja de São Roque.
Esta igreja foi fundada na segunda metade do século XVI, como a primeira igreja da Companhia de Jesus em Portugal. Mantinha o nome original da antiga ermida de São Roque, que existia no mesmo local.
O seu interior mostra uma grande e rica variedade de obras de arte, nomeadamente azulejos, pinturas, esculturas, mármores incrustados, talha dourada, relicários, etc, todos pertencentes hoje à Santa Casa da Misericórdia de Lisboa.
